Plateforme Genotoul - Bioinfo

Adossée au laboratoire INRAE Mathématique et informatique appliquées  de Toulouse (MIAT) et composante du GIS Genotoul, la plateforme Genotoul  Bioinfo développe depuis près de 20 ans une expertise dans le domaine  de la bioinformatique et la biostatistique pour la génomique, la métagénomique et l’analyse des ARNs non codants.

A l’appui de son expertise, la plateforme produit des outils  originaux lui permettant d’offrir un accompagnement efficace dans les  projets scientifiques. Ses perspectives s’inscrivent dans une évolution  des compétences en regard des applications innovantes générées par les  capacités des nouvelles technologies de séquençage et des besoins autour  de la donnée (infrastructure adaptée, intégration de données, plan de  gestion des données…).

Equipements : 

CPU, 12 cartes GPU, et une capacité de stockage de 7,5 pétaoctets dont 3 Po dédiés aux projets

Serveurs de virtualisation

Services : 

Hébergement de comptes utilisateurs et de machines virtuelles, accès à un cluster de calcul équipé de GPU dernière génération,

Formation aux outils de la plateforme : nous proposons une dizaine de jours de formation par an pour utiliser le cluster de calcul ou faire des analyses,

Accès aux plus de 200 banques de données du domaine et aux plus de 800 logiciels du domaine,

Développement de logiciels,

Accompagnement de projets avec formation possible en bioinformatique et biostatistique,

Accompagnement technique : nous proposons des prestations pour assurer des analyses de vos échantillons ; assemblage et annotation  de (méta)génomes, analyse de données de séquençage à haut débit (expression des ARNs, analyse de variants SNP…).

Nous collaborons avec tous les secteurs travaillant sur l’ADN et l’ARN en santé, agronomie (création d’un pangénome d’espèce qui a permis l’étude de la diversité du haricot au niveau international) et biologie.

Exemples de collaboration

Dans le cadre du projet libre de recherche "Biologie et Sciences du cancer", avec l'Institut National contre le cancer (INCA), caractérisation moléculaire des veinules hautes endothéliales (2014-2016)

SeqOccIn inclut Genotoul-Bioinfo, GeT-PlaGe et 14 entreprises (principalement des filières), et se propose de développer l’expertise dans l’utilisation des lectures longues en molécules uniques. 

Avec Naval Group, dans le cadre d'une bourse CIFRE, pour analyser l’impact de bactéries sur l’encrassement de structures métalliques de bateaux. 

Autres laboratoires

Notre laboratoire est en collaboration étroite avec les nombreuses plates-formes de bio-informatique françaises au travers de l’Institut Français de Bioinformatique, elle-même nœud français de l’initiative européenne ELIXIR. Nous avons également de multiples collaborations avec des laboratoires d’INRAE, du CNRS, ou de l’INSERM dans de nombreuses villes en France.

Laboratoires et Tutelles