Plateforme Centre national de ressources génomiques végétales

Le CNRGV est une structure d’appui aux projets en génomique. Il propose aux laboratoires publics et aux entreprises privées des méthodes pour caractériser la structure des génomes et annoter les gènes et les séquences régulatrices. Expert en génomique des plantes, ce savoir-faire est également appliqué aux organismes issus des autres règnes.

Le CNRGV développe des stratégies de caractérisation de la structure des génomes à l’échelle des génomes entiers ou à celle de régions génomiques ciblées, grâce à des méthodes innovantes de capture. Afin de valoriser les données produites, il propose des outils de bioanalyse pour les assembler, les annoter et, éventuellement, les comparer entre génotypes.

L’ensemble de ces savoir-faire permet d’offrir un service de l’échantillon biologique au rendu des données analysées, à l'échelle d’une variété unique ou d’un panel de variétés représentant la diversité d’une espèce.

En complément des méthodes reposant sur le séquençage, le CNRGV propose des services de clonage de grands fragments d’ADN destinés aux projets de biologie synthétique et d’extraction à moyen débit d’ADN végétal de haute qualité.

Recherche

Extraction d’ADN de haute qualité

Le CNRGV produit de l’ADN de haut poids moléculaire à partir de tissus végétaux pour les applications de séquençage à longues lectures. Cette activité repose sur un broyeur Vibro-Broyeur MM500 (Retsch), un automate Magnetapure 32 (Macherey-Nagel) (32 échantillons en parallèle) et un ensemble d'équipements de contrôle qualité (Fragment Analyzer, Femto Pulse – Agilent, Qubit – Thermo Fisher). Le CNRGV propose également un service de production de plantes afin de garantir la qualité des échantillons.

Préparation de librairies et séquençage

Le CNRGV assure la préparation de librairies de séquençage et dispose d'un séquenceur Oxford Nanopore P2 Solo pour les applications de séquençage à longues lectures. Pour les autres technologies de séquençage, il s'appuie sur les plateformes de l'infrastructure INRAE Genomics.

Assemblage de génomes et analyses bioinformatiques

Le CNRGV propose une prestation complète de production de génomes de haute qualité. Les données de séquençage sont combinées à des données Hi-C afin d'obtenir des assemblages à l'échelle des chromosomes. Une équipe de bioinformatique dédiée prend en charge l'assemblage, le scaffolding et l'annotation des génomes.

Caractérisation de régions génomiques d'intérêt

Le CNRGV développe des stratégies de capture et de séquençage ciblé de régions génomiques spécifiques, particulièrement adaptées à l'étude de la diversité génétique au sein de collections de variétés. En fonction des besoins et des questions de recherche, cette activité repose notamment sur la méthode de capture Twist sur le système Xdrop Sort (Samplix).

 Clonage de grands fragments d'ADN

Le CNRGV dispose d'une expertise reconnue dans la production de banques de grands fragments d'ADN génomique (>100 kb), une compétence devenue rare en France et à l'international. Cette activité s'appuie sur un automate de sélection de colonies QPix450. L'équipement est complété par une chaîne dédiée comprenant des systèmes d'électrophorèse en champs pulsés, un électroporateur et une chaîne automatisée d'étiquetage et de scellage de plaques 384 puits contenant les clones bactériens.

Support et conseil aux projets collaboratifs nationaux et internationaux

Pour les unités et infrastructures de recherche ainsi que pour les entreprises

Action de formation et de communication

Accueil et formation de chercheurs et d’étudiants

Communication grand public et vers les scolaires (Fête de la Science, Nuit des chercheurs)

Le CNRGV accompagne les projets de recherche en génomique, depuis la préparation des échantillons jusqu'à l'analyse bioinformatique et l'interprétation des données. Ses services s'adressent aux acteurs académiques et socio-économiques intervenant dans les domaines de l'agronomie, de la santé, des biotechnologies, de la microbiologie, de la biodiversité et des sciences de l'environnement.

Exemples de collaboration

Le CNRGV travaille régulièrement avec des entreprises de la région Occitanie et, également, françaises et internationales. Il s’agit majoritairement d’entreprises semencières dans le domaine du végétal mais également de sociétés de biotechnologie :

Avec la société Innolea, dans le cadre du projet Occitanie-Genosol. Le projet a permis de caractériser au niveau génomique la diversité des réponses de génotypes de tournesol au bioagresseur Orobanche

https://cnrgv.toulouse.inrae.fr/fr/Actualites/2021/Projet-Occitanie-GENOSOL

Dans le cadre du projet aMaizinG, en partenariat avec un ensemble de sociétés privées et compagnies (Biogemma, MaïsAdour, Caussade, Euralis, Limagrain, Syngéta, KWS et RAGT), développement des connaissances, des méthodes de sélection et des pratiques agricoles

Autres laboratoires

Le CNRGV collabore régulièrement avec des équipes de recherche INRAE, CNRS, Cirad, INSERM et de diverses universités (Toulouse, Lille, Saclay, Bordeaux, Montpellier, Strasbourg, …) situées sur l’ensemble du territoire français. Au-delà des frontières de l’hexagone, environ 25% des projets impliquent des équipes étrangères principalement en Belgique, Allemagne et Canada.

Laboratoires et tutelles